MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH1516 plasmid pUSA300HOUMR

Total Repeats: 677

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010063	TAA	2	6	14	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010063	ACT	2	6	42	47	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_010063	TAA	2	6	67	72	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010063	TTTA	2	8	87	94	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010063	TA	3	6	93	98	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010063	TAT	2	6	113	118	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010063	AAT	2	6	125	130	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010063	TAAA	2	8	156	163	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010063	TAAA	2	8	172	179	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010063	TTA	2	6	186	191	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010063	T	6	6	222	227	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010063	AAAG	2	8	267	274	75 %	0 %	25 %	0 %	161510925
13	NC_010063	CTAA	2	8	324	331	50 %	25 %	0 %	25 %	161510925
14	NC_010063	TGA	2	6	398	403	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510925
15	NC_010063	A	6	6	462	467	100 %	0 %	0 %	0 %	161510925
16	NC_010063	A	7	7	485	491	100 %	0 %	0 %	0 %	161510925
17	NC_010063	ACG	2	6	524	529	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161510925
18	NC_010063	TAAA	2	8	535	542	75 %	25 %	0 %	0 %	161510925
19	NC_010063	AGA	2	6	605	610	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510925
20	NC_010063	GAAG	2	8	635	642	50 %	0 %	50 %	0 %	161510925
21	NC_010063	AAT	2	6	771	776	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510925
22	NC_010063	ATGA	2	8	780	787	50 %	25 %	25 %	0 %	161510925
23	NC_010063	TGA	2	6	860	865	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510925
24	NC_010063	AAC	2	6	895	900	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161510925
25	NC_010063	ATT	2	6	907	912	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510925
26	NC_010063	A	7	7	968	974	100 %	0 %	0 %	0 %	161510925
27	NC_010063	CTT	2	6	1039	1044	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510925
28	NC_010063	A	6	6	1056	1061	100 %	0 %	0 %	0 %	161510925
29	NC_010063	GAA	2	6	1149	1154	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510925
30	NC_010063	AATAT	2	10	1192	1201	60 %	40 %	0 %	0 %	161510925
31	NC_010063	AAT	2	6	1210	1215	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510925
32	NC_010063	ATC	2	6	1263	1268	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_010063	TGA	2	6	1281	1286	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010063	CGA	2	6	1287	1292	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_010063	A	7	7	1292	1298	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010063	TGG	2	6	1356	1361	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010063	TGA	2	6	1431	1436	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010063	GAA	2	6	1453	1458	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010063	A	7	7	1457	1463	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010063	ATT	3	9	1504	1512	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010063	T	7	7	1538	1544	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010063	A	6	6	1558	1563	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010063	TGTA	2	8	1591	1598	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_010063	TTAAA	2	10	1739	1748	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010063	A	6	6	1858	1863	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010063	TTTG	2	8	1888	1895	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_010063	AT	3	6	1906	1911	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010063	TAA	2	6	2033	2038	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010063	GA	3	6	2060	2065	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_010063	TA	3	6	2182	2187	50 %	50 %	0 %	0 %	161510926
51	NC_010063	T	6	6	2200	2205	0 %	100 %	0 %	0 %	161510926
52	NC_010063	ATAA	2	8	2212	2219	75 %	25 %	0 %	0 %	161510926
53	NC_010063	A	6	6	2240	2245	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_010063	GAA	2	6	2260	2265	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_010063	CCG	2	6	2442	2447	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	161510927
56	NC_010063	AGT	2	6	2479	2484	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510927
57	NC_010063	TAC	2	6	2509	2514	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510927
58	NC_010063	TAA	2	6	2608	2613	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510927
59	NC_010063	CTT	2	6	2643	2648	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510927
60	NC_010063	T	6	6	2647	2652	0 %	100 %	0 %	0 %	161510927
61	NC_010063	T	7	7	2671	2677	0 %	100 %	0 %	0 %	161510927
62	NC_010063	AT	3	6	2690	2695	50 %	50 %	0 %	0 %	161510927
63	NC_010063	T	6	6	2722	2727	0 %	100 %	0 %	0 %	161510927
64	NC_010063	TTA	2	6	2742	2747	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510927
65	NC_010063	TCT	2	6	2814	2819	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510927
66	NC_010063	T	7	7	2827	2833	0 %	100 %	0 %	0 %	161510927
67	NC_010063	CTT	2	6	2839	2844	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510927
68	NC_010063	T	6	6	2843	2848	0 %	100 %	0 %	0 %	161510927
69	NC_010063	TTTC	2	8	2911	2918	0 %	75 %	0 %	25 %	161510927
70	NC_010063	T	6	6	2986	2991	0 %	100 %	0 %	0 %	161510927
71	NC_010063	TTC	2	6	2993	2998	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510927
72	NC_010063	ATT	2	6	3051	3056	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510927
73	NC_010063	AAT	2	6	3060	3065	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510927
74	NC_010063	ATA	2	6	3094	3099	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_010063	TAAG	2	8	3116	3123	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_010063	ATTT	2	8	3141	3148	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010063	AT	3	6	3151	3156	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010063	ATGA	2	8	3189	3196	50 %	25 %	25 %	0 %	161510928
79	NC_010063	AT	3	6	3209	3214	50 %	50 %	0 %	0 %	161510928
80	NC_010063	T	6	6	3270	3275	0 %	100 %	0 %	0 %	161510928
81	NC_010063	TGA	2	6	3287	3292	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510928
82	NC_010063	T	7	7	3307	3313	0 %	100 %	0 %	0 %	161510928
83	NC_010063	AAAG	2	8	3373	3380	75 %	0 %	25 %	0 %	161510928
84	NC_010063	AAT	2	6	3391	3396	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010063	TAGAT	2	10	3446	3455	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010063	T	7	7	3462	3468	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010063	TCT	2	6	3489	3494	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_010063	TTTTTG	2	12	3627	3638	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_010063	AT	3	6	3647	3652	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_010063	AT	3	6	3683	3688	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_010063	A	6	6	3764	3769	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010063	TTTC	2	8	3802	3809	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_010063	TATT	2	8	3818	3825	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_010063	TTTC	2	8	3826	3833	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_010063	TCG	2	6	3843	3848	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_010063	A	6	6	3858	3863	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_010063	GTA	2	6	3901	3906	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510929
98	NC_010063	AATT	2	8	3922	3929	50 %	50 %	0 %	0 %	161510929
99	NC_010063	A	7	7	3977	3983	100 %	0 %	0 %	0 %	161510929
100	NC_010063	CGA	2	6	3985	3990	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161510929
101	NC_010063	ACG	2	6	4066	4071	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_010063	TTAT	2	8	4145	4152	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_010063	TAA	2	6	4182	4187	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010063	A	6	6	4287	4292	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010063	GAA	2	6	4307	4312	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_010063	ATT	2	6	4442	4447	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010063	TAT	2	6	4495	4500	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510930
108	NC_010063	GTT	2	6	4511	4516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161510930
109	NC_010063	GCT	3	9	4517	4525	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161510930
110	NC_010063	CAG	2	6	4542	4547	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161510930
111	NC_010063	TTA	2	6	4553	4558	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510930
112	NC_010063	TTA	2	6	4565	4570	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510930
113	NC_010063	T	6	6	4574	4579	0 %	100 %	0 %	0 %	161510930
114	NC_010063	TAT	2	6	4639	4644	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510930
115	NC_010063	TTAG	2	8	4652	4659	25 %	50 %	25 %	0 %	161510930
116	NC_010063	ATG	2	6	4758	4763	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510930
117	NC_010063	AG	3	6	4779	4784	50 %	0 %	50 %	0 %	161510930
118	NC_010063	A	6	6	4787	4792	100 %	0 %	0 %	0 %	161510930
119	NC_010063	TGAA	2	8	4797	4804	50 %	25 %	25 %	0 %	161510930
120	NC_010063	ATA	2	6	4866	4871	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510930
121	NC_010063	TTAC	2	8	4919	4926	25 %	50 %	0 %	25 %	161510930
122	NC_010063	TAATTT	2	12	4941	4952	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510930
123	NC_010063	TCT	2	6	4953	4958	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510930
124	NC_010063	TTG	2	6	5007	5012	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161510930
125	NC_010063	TAT	2	6	5038	5043	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510930
126	NC_010063	TA	3	6	5045	5050	50 %	50 %	0 %	0 %	161510930
127	NC_010063	TTTA	2	8	5059	5066	25 %	75 %	0 %	0 %	161510930
128	NC_010063	TTA	3	9	5064	5072	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510930
129	NC_010063	TGTGA	2	10	5153	5162	20 %	40 %	40 %	0 %	161510931
130	NC_010063	T	6	6	5200	5205	0 %	100 %	0 %	0 %	161510931
131	NC_010063	AGA	2	6	5206	5211	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510931
132	NC_010063	A	6	6	5244	5249	100 %	0 %	0 %	0 %	161510931
133	NC_010063	TGA	2	6	5254	5259	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510931
134	NC_010063	GAA	2	6	5260	5265	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510931
135	NC_010063	AGA	2	6	5293	5298	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510931
136	NC_010063	TG	3	6	5304	5309	0 %	50 %	50 %	0 %	161510931
137	NC_010063	CAT	2	6	5357	5362	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510931
138	NC_010063	TA	3	6	5373	5378	50 %	50 %	0 %	0 %	161510931
139	NC_010063	ATT	2	6	5421	5426	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510931
140	NC_010063	TTA	2	6	5427	5432	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510931
141	NC_010063	AG	3	6	5447	5452	50 %	0 %	50 %	0 %	161510931
142	NC_010063	TCT	2	6	5491	5496	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_010063	A	6	6	5511	5516	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_010063	TA	3	6	5523	5528	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_010063	GAC	2	6	5535	5540	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_010063	TAA	2	6	5580	5585	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_010063	TC	3	6	5598	5603	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
148	NC_010063	AG	3	6	5620	5625	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
149	NC_010063	CAT	2	6	5659	5664	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_010063	TCA	2	6	5673	5678	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_010063	GCTGT	2	10	5682	5691	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
152	NC_010063	TAT	2	6	5696	5701	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_010063	CAA	2	6	5722	5727	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_010063	TAAT	2	8	5729	5736	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_010063	A	6	6	5761	5766	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_010063	ACT	2	6	5774	5779	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_010063	TA	3	6	5824	5829	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_010063	TAG	2	6	5845	5850	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
159	NC_010063	TTC	2	6	5920	5925	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_010063	TGT	2	6	5931	5936	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
161	NC_010063	TTC	2	6	5969	5974	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_010063	CATT	2	8	6015	6022	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
163	NC_010063	AT	3	6	6037	6042	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_010063	AATT	2	8	6083	6090	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_010063	AT	3	6	6115	6120	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_010063	AAT	2	6	6229	6234	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_010063	T	6	6	6245	6250	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_010063	TAT	2	6	6259	6264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_010063	ATT	3	9	6273	6281	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_010063	T	7	7	6299	6305	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_010063	CTTTT	2	10	6320	6329	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
172	NC_010063	CAC	2	6	6394	6399	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
173	NC_010063	ATTC	2	8	6440	6447	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
174	NC_010063	TGC	2	6	6476	6481	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
175	NC_010063	ATCCAC	2	12	6546	6557	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
176	NC_010063	CAT	2	6	6576	6581	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
177	NC_010063	CTT	2	6	6606	6611	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
178	NC_010063	CAA	2	6	6636	6641	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
179	NC_010063	TCA	2	6	6779	6784	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
180	NC_010063	TAAC	2	8	6800	6807	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
181	NC_010063	ACT	2	6	6827	6832	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
182	NC_010063	CTT	2	6	6855	6860	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
183	NC_010063	TTG	2	6	6888	6893	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
184	NC_010063	ATGAT	2	10	6921	6930	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
185	NC_010063	AG	3	6	6955	6960	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
186	NC_010063	ATT	2	6	6992	6997	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510932
187	NC_010063	TTA	2	6	7042	7047	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510932
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192	NC_010063	TAA	2	6	7238	7243	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510932
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198	NC_010063	TAGCT	2	10	7445	7454	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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206	NC_010063	A	6	6	7660	7665	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
207	NC_010063	TGA	2	6	7703	7708	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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224	NC_010063	TAATT	2	10	8276	8285	40 %	60 %	0 %	0 %	161510933
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235	NC_010063	AAG	2	6	8853	8858	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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270	NC_010063	CTCAA	2	10	10233	10242	40 %	20 %	0 %	40 %	161510934
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272	NC_010063	TGGA	2	8	10289	10296	25 %	25 %	50 %	0 %	161510934
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279	NC_010063	GGT	2	6	10482	10487	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161510934
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282	NC_010063	A	6	6	10584	10589	100 %	0 %	0 %	0 %	161510934
283	NC_010063	AATAT	2	10	10662	10671	60 %	40 %	0 %	0 %	161510935
284	NC_010063	A	6	6	10677	10682	100 %	0 %	0 %	0 %	161510935
285	NC_010063	AAG	2	6	10726	10731	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510935
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287	NC_010063	A	6	6	10773	10778	100 %	0 %	0 %	0 %	161510935
288	NC_010063	ATTT	2	8	10809	10816	25 %	75 %	0 %	0 %	161510935
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293	NC_010063	GAA	2	6	10953	10958	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510935
294	NC_010063	ATA	2	6	11014	11019	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
295	NC_010063	TTA	2	6	11043	11048	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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297	NC_010063	T	6	6	11130	11135	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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301	NC_010063	TA	3	6	11239	11244	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
302	NC_010063	AGG	2	6	11310	11315	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	161510936
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